Le "sous-domaine vs répertoire" est un débat sans fin parmi les gourous du SEO ;)
Ceci étant, quelques informations sur le sujet :
Google, et plus précisément Matt Cutts (un des rares ingénieurs google à connaître la "sauce secrète" employée par Google pour faire un scoring des sites) dit que ça n'a pas d'influence :
Malgré cela, la plupart des personnes ayant fait des tests chiffrés disent que les répertoires sont mieux d'un point de vue SEO que les sous-domaines (autrement dit, www.monsite.com/blog serait plutôt mieux que blog.monsite.com). Cf par exemple cet article détaillé de Moz.
Les "pour" du répertoire
Avoir un site organisé en sous-répertoires tend en effet à "forcer" le webmaster à créer un ensemble plus cohérent pour l'utilisateur, ce qui augmente donc le trafic perçu :
Le maillage et liens internes sont plus nombreux et plus pertinents
Si le blog partage la même thématique que le site principal, réunir les deux permet d'unifier le contenu des deux sites afin d'en sortir d'autant plus renforcé du point de vue de Google (concept de "Domain Authority", même si Google n'a jamais directement confirmé ce point donc à prendre pour ce que ça vaut : une hypothèse de la part des experts SEO).
Le design du site est plus homogène
Le temps de chargement est en général un poil plus rapide (passer d'un sous-répertoire à un autre est souvent géré par la même machine sur la même session du navigateur, alors que les différents sous-domaines ne le sont pas forcément et peuvent nécessiter de la part du navigateur du client de nouvelles requêtes DNS ainsi que l'établissement d'une nouvelle session HTTP)
Les "contre" du répertoire
Ceci dit l'établissement d'un site en sous-répertoires induit des complexités supplémentaires :
Pas d'isolation technique : si le blog tombe, le site web principal tombe
Contraintes sur le développement : généralement la même plate-forme pour tout le site (donc le même CMS pour le site principal, le blog, ...) ce qui empêche potentiellement l'édition de blog "facilement", par exemple via un outil dédié comme Wordpress si le site principal n'est pas lui-même sous Wordpress...
Le bilan
Utiliser des sous-répertoires plutôt que des sous-domaines pour être sûr de mettre toutes ses chances de son côté d'un point de vue SEO, pourquoi pas !
Mais à la condition que ça n'impacte pas le côté opérationnel au jour le jour : la facilité d'édition de nouveau contenu est toujours à privilégier dans ces cas-là et avoir des sous-domaines n'est pas un drame en soi.
Side note: si le blog a une vocation de conversion (et pas seulement de l'inscription newsletter, de la conversion "forte"), alors nous vous conseillons le répertoire, pour en effet être "on-site", avoir exactement la même interface graphique, et surtout montrer à l'utilisateur qu'il est dans un contenu transactionnel.